มูลนิธิฯ เริ่มดำเนินงานในฐานะสำนักงานระดับภูมิภาคที่จังหวัดเชียงใหม่ เมื่อเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. ๒๕๔๓ อันสะท้อนถึงความตั้งใจอันมุ่งมั่นของมูลนิธิฯ ที่ต้องการเน้นการปรากฏตัวของชุมชนท้องถิ่น ซึ่งก่อนหน้านี้ มูลนิธิฯ ได้ริเริ่มประสานความร่วมมือกับองค์กรพันธมิตรตั้งแต่ในช่วงต้นของปี ๑๙๙๐ หลังจากได้รับความสำเร็จจากการดำเนินงานเป็นระยะเวลา 10 ปีในจังหวัดเชียงใหม่ มูลนิธิไฮน์ริค เบิลล์ สำนักงานภูมิภาคเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ได้ย้ายมาตั้งอยู่ที่กรุงเทพมหานครในช่วงกลางปี พ.ศ. ๒๕๕๓ มูลนิธิไฮน์ริค เบิลล์ สำนักงานกรุงเทพมหานคร ประกอบด้วยเจ้าหน้าที่ทั้งหมด จำนวน ๑๐ คน โดยมีผู้อำนวยการ ๑ คนและเจ้าหน้าที่สำนักงาน ๙ คน นอกเหนือจากการดำเนินงานร่วมกับองค์กรพันธมิตรหลักของมูลนิธิฯ ทิศทางการทำงานของมูลนิธิฯ มุ่งเน้นด้านการวิเคราะห์สถานการณ์ด้านการเมือง การเชื่อมประสานระหว่างผู้เกี่ยวข้องหลากหลายสาขาอาชีพที่มีพื้นฐานความสนใจในประเด็นการดำเนินงานและการพัฒนายุทธศาสตร์การดำเนินกิจกรรมของมูลนิธิฯ รวมถึงการสร้างเครือข่ายในประเทศ