วิสัยทัศน์ในการทำงานด้านการเมืองของเพศสภาพคือการส่งเสริมให้เกิดประชาธิปไตยด้านเพศสภาพ โดยเป็นระบบที่ปราศจากการพึ่งพาและการการครอบงำด้านเพศสภาพ ทั้งนี้ไม่ใช่การทำให้ความแตกต่างระหว่างหญิงและชายหมดไป แต่หมายถึงการมีสิทธิและโอกาสที่เท่าเทียมสำหรับบุคคลที่มีความต้องการแตกต่างกันไป รวมถึงความเคารพชนกลุ่มน้อยด้านเพศสภาพและเพศวิถี ประชาธิปไตยด้านเพศสภาพเป็นแนวทางการเมืองที่สำคัญของมูลนิธิฯ เป็นวิสัยทัศน์ด้านสังคม และเป็นแนวนโยบายพื้นฐานขององค์กรในเวลาเดียวกัน โดยต้องเป็นส่วนหนึ่งของประชาธิปไตยในทุกรูปแบบ ประชาธิปไตยไม่อาจมีขึ้นได้หากปราศจากประชาธิปไตยด้านเพศสภาพ ด้วยเหตุดังกล่าว เราจึงนำแง่มุมด้านเพศสภาพผนวกเข้าเป็นส่วนหนึ่งของงานของเรา และของพันธมิตรอย่างเป็นระบบในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ มีปัญหาท้าทายที่แตกต่างกันไปขึ้นอยู่บริบทของแต่ละประเทศทั้งในแง่ของอคติต่อการมีส่วนร่วมของหญิงและชายในภาคประชาสังคมและกระบวนการกำหนดนโยบาย การขาดการมีส่วนร่วมของผู้หญิงในสถาบันการเมือง และการที่หญิงและชายมีโอกาสเข้าถึงการศึกษาและทรัพยากรด้านเศรษฐกิจอย่างไม่เท่าเทียมกัน โดยเฉพาะในประเทศกัมพูชาและพม่า ความเชื่อดั้งเดิมและบทบาทตามจารีตด้านเพศสภาพ ยังคงมีอิทธิพลสูงในระดับแตกต่างกันไป และมีส่วนในการกำหนดความสัมพันธ์ระหว่างหญิงกับชาย ซึ่งนับเป็นปัญหาท้าทายยิ่งสำหรับมูลนิธิฯ ด้วยเหตุดังกล่าวโครงการประชาธิปไตยด้านเพศสภาพจึงมุ่งส่งเสริมการสร้างความเข้มแข็งของผู้หญิง และการเรียกร้องให้ทั้งหญิงและชายมีส่วนร่วมในการสร้างสังคมที่เป็นธรรมด้านเพศสภาพมากขึ้นสำหรับการดำเนินงานในประเทศไทย มูลนิธิฯมีความประสงค์ในการสร้างพื้นที่ใหม่ในการแลกเปลี่ยนและการอภิปรายอย่างสร้างสรรค์ โดยการเชื่อมโยงระหว่างกลุ่มและอัตลักษณ์ทางเพศที่หลากหลายและการกำหนดประเด็นสำคัญในการพูดคุย ความขัดแย้งและอคติในสังคมมูลนิธิฯ ให้ความสำคัญมากต่อการลดช่องว่างทางความคิดระหว่างขบวนการสตรีนิยมกระแสหลักที่มีโครงสร้างชัดเจน และนักกิจกรรมหญิงรุ่นใหม่ที่พยายามนำเสนอประเด็นปัญหาใหม่แต่ยังไม่สามารถรวมตัวกันเป็นเครือข่ายที่มีประสิทธิภาพได้ จุดประสงค์หลักของการดำเนินงานของมูลนิธิฯ คือ การลดอุปสรรคเหล่านี้ และสนับสนุนให้ชุมชนความหลากหลายของอัตลักษณ์ทางเพศสามารถเชื่อมโยงความสนใจและข้อกังวลเข้าด้วยกันเพื่อให้เกิดขบวนการที่มีส่วนร่วมและมีการพูดคุยอย่างเปิดเผย ประเด็นท้าทายที่สำคัญอีกประการหนึ่งคือ การส่งเสริมบทบาทที่เข้มแข็งด้านการอภิปรายในพื้นที่สาธารณะเรื่องเพศสภาพของกลุ่มชายรักชายหรือหญิงรักหญิง หากสามารถก้าวพ้นความเชื่อแบบดั้งเดิมได้ นับว่าเป็นการเปิดประตูแห่งความเท่าทียมทางเพศและเป็นธรรมด้านเพศสภาพ